นอกจากนี้ อากาศเย็นยังทำให้เชื้อโรคบางชนิดเจริญเติบโตและแพร่กระจายได้ดี โดยเฉพาะโรคอียูเอส โรคตัวด่าง และโรคไวรัสเคเอชวี
เกษตรกรควรปฏิบัติตามคำแนะนำของกรมประมง ดังนี้
1. เกษตรกรควรวางแผนระยะเวลาการเลี้ยงปลาให้อยู่ในช่วงที่เหมาะสม หรือ ควรงดเว้นการเลี้ยงปลาในช่วงฤดูหนาว
2. ควรมีบ่อพักน้ำใช้เพื่อใช้ในฟาร์มได้เพียงพอตลอดฤดูกาล โดยเฉพาะในช่วงฤดูหนาว
3. เลือกชนิดปลาที่จะเลี้ยงให้เหมาะสมกับฤดูกาล โดยในช่วงฤดูหนาว ควรเลือกปลาที่มีความเสี่ยงต่อการเกิดโรคระบาดน้อย เช่น ปลานิล ปลาจีน และปลาไม่มีเกล็ด ที่สำคัญ ควรลดความหนาแน่นของปลาที่ปล่อยลงเลี้ยงและหมั่นเอาใจใส่ ตรวจสุขภาพปลาอย่างสม่ำเสมอ
4. ควบคุมปริมาณการให้อาหารอย่างเหมาะสม ลดปริมาณอาหารที่จะให้ลง 10 – 15 % เนื่องจากช่วงอุณหภูมิต่ำปลาจะกินอาหารได้น้อยลง ถ้าหากมีปริมาณอาหารเหลือจะสะสมตามพื้นบ่อ ส่งผลให้น้ำเน่าเสีย เกิดก๊าซพิษ และมีผลกระทบต่อสุขภาพปลา ทั้งนี้ อาจมีการเสริมวิตามินซีในอาหารตามอัตราการใช้ที่ระบุในลาก โดยน้ำหนัก จะช่วยเสริมสร้างความแข็งแรง ต้านทานโรคและลดความเครียดของปลาได้
5. ควบคุมคุณภาพน้ำในบ่อ โดยใช้เกลือแกงมาละลายน้ำสาดให้ทั่วบ่อ ประมาณ 100-150 กิโลกรัมต่อไร่
6. หากพบว่ามีปลาที่เลี้ยงป่วยหรือมีอาการผิดปกติ ควรแยกออกไปเลี้ยงและรักษาต่างหาก กรณีป่วยหนักควรทำลายทิ้งเพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของโรคในวงกว้าง หรือ หากพบปลาตายในบ่อเลี้ยงให้กำจัดโดยการฝังหรือเผาทั้ งนี้ หากกรณีปลาในแหล่งน้ำธรรมชาติมีความผิดปกติ ให้รีบปิดทางน้ำเข้าและหยุดการเติมน้ำจากธรรมชาติเข้ามาในบ่อทันที
7. หากไม่สามารถเปลี่ยนถ่ายน้ำได้ ในช่วงระหว่างการเลี้ยง ให้ควบคุมปริมาณการให้อาหาร
8. หากพบว่าน้ำในบ่อเริ่มเน่าเสีย โดยสังเกตว่ามีก๊าซผุดขึ้นมาจากพื้นบ่อ ให้ใช้เกลือสาดบริเวณดังกล่าว ประมาณ 200 – 300 กิโลกรัมต่อบ่อขนาด 1 ไร่ เพื่อลดความเป็นพิษของก๊าซพิษ เช่น แอมโมเนีย เป็นต้น
9. เมื่ออากาศเริ่มเข้าสู่สภาวะที่เหมาะสม (อุณหภูมิของน้ำสูงขึ้น) และพบว่าปลาในธรรมชาติเป็นปกติ ไม่มีอาการป่วย ควรเปลี่ยนถ่ายน้ำตามความเหมาะสม และให้อาหารปลาได้ตามปกติ